变性手术的具体过程因性别不同而异，具体如下：
一、男-女变性手术
1.切口：环绕冠状沟切开包皮至腹侧尿道沟正中做纵形切口，其根部切口向两侧延长倒“U”形状。
2.阴茎海绵体切除：切除阴茎海绵体，同时剥离出阴茎头及尿道海绵体。
3.睾丸切除：完整切除睾丸、附睾、精索等组织。
4.阴蒂再造：保留阴茎背侧血管束，以此为蒂切除阴茎头，间断缝合，造成阴蒂并固定。
5.造穴及阴道再造：将阴囊皮瓣缝成囊袋，翻转送入腔穴。再造的阴道比较浅，无润滑液分泌，性生活感受差，现在多采用结肠转位再造阴道。
6.尿道外口重建：将多余尿道切除，间断缝合尿道口。
7.大小阴唇再造：阴茎背侧切开包皮瓣，向下牵拉，再造阴蒂，尿道外口及阴道口间断缝合，外侧与阴囊瓣缝合，重建女性外阴。
8.乳房再造：可进行假体置入或局部皮瓣转移及游离皮瓣转移方法进行。
9.加压包扎：放置阴道塞，里面纱布裹好，外用碘仿纱条，塞进阴道塞。用纱布覆盖会阴，以无菌敷料，“丁”字带常规会阴部加压包扎。
二、女-男变性手术
1.经腹、会阴切除子宫、双侧卵巢、阴道壁黏膜，封闭阴道残腔。
2.把尿道在原来尿道口的位置进行提升，提升到接近男性的阴茎位置。
3.通过自身组织再造1个阴茎，再度重建尿道和阴茎的支撑体。
4.经乳晕小切口行乳腺切除、乳头缩小。
5.植入睾丸假体、重建阴囊、增厚口唇，减少髋部、股部、臀部脂肪。
6.将小皮瓣返转轴型缝合成皮管，跟部与尿道吻合，形成男性尿道。
7.将大皮瓣包裹皮管和阴蒂轴型缝合，形成人造阴茎体。