治灰指甲好的医院有复旦大学附属华山医院、中国医学科学院皮肤病医院、北京大学第一医院等。灰指甲临床称为甲癣，属于皮肤科疾病，复旦大学附属华山医院皮肤科已连续五年位居中国医院最佳皮肤科专科排行榜榜首，一直在国内外享有盛誉；中国医学科学院皮肤病医院是中国微生物菌种保藏管理委员会医学真菌中心；北京大学第一医院皮肤性病科是中国现代西医皮肤科的引领力量之一。
第一名：复旦大学附属华山医院-皮肤科复旦大学附属华山医院皮肤科是我国主要的皮肤病学医教研和人才培养基地之一，一直在国内外享有盛誉，已连续五年位居中国医院最佳皮肤科专科排行榜榜首，入选卫生部临床重点专科和上海市“重中之重”临床重点学科。科室病例数之多、病种之广在国内是首屈一指，在国际上亦属罕见，收治各地各种疑难杂症和危重病人。开设十余种专病门诊，包括真菌病（甲癣）、性传播疾病、结缔组织病等，治疗方法齐全，疗效显著，深受全国各地病人的欢迎。
第二名：中国医学科学院皮肤病医院中国医学科学院皮肤病医院直属中央卫生部领导，是世界卫生组织性传播疾病预防与控制合作中心、中国微生物菌种保藏管理委员会医学真菌中心。专科特色显著，拥有国内齐全的皮肤病性病学亚学科。少见甲真菌病（甲癣）、性传播疾病、大疱病、血管炎等技术国内领先，部分达到国际先进水平。近百种自主研制的自制制剂疗效显著、价格低廉，广泛应用于临床，深受患者好评。编辑出版《中华皮肤科杂志》、《国际皮肤性病学杂志》。收治病种包括灰指甲、血管炎等。
第三名：北京大学第一医院-皮肤性病科北京大学第一医院皮肤性病科是北大医院第一批成立的科室，迄今已有百年历史，是中国现代西医皮肤科的引领力量之一，目前已成为名符其实的国内一流、国际接轨的皮肤性病学医疗、教学与研究基地，擅长甲癣、银屑病、白癜风的诊治。2002年经教育部批准成为国家重点学科，2010年成为首批进入教育部的创新团队，2011年成立首个皮科北京市重点实验室，2012年成为首批卫生部临床重点专科，2019年成立皮肤领域唯一国家临床医学研究中心，2021年成立国家药品监督管理局化妆品领域重点实验室。
第四名：空军军医大学西京医院-皮肤科空军军医大学西京医院皮肤科，是国家重点学科、国家临床重点专科、全军皮肤病研究所，所属实验室是全军后勤专业重点实验室。该科室在2018年公布的中国医院专科综合排行榜中位居皮肤科全国第二名。皮肤科在银屑病、白癜风、自身免疫性疱病、结缔组织病等免疫性相关性皮肤病，黑素瘤、蕈样肉芽肿等皮肤肿瘤，皮肤真菌病（甲癣）、性传播疾病等感染性皮肤病，以及遗传性皮肤病等疑难危重皮肤病救治上具有丰富经验及雄厚实力，年均接诊患者逾40万人次。
第五名：中国医科大学附属第一医院-皮肤性病科中国医科大学附属第一医院皮肤性病科是国家重点学科和国家临床重点专科项目建设单位，是免疫皮肤病学重点实验室。学科内有遗传皮肤病、皮肤病理、医学真菌、性病、光皮肤病、免疫和变态反应等亚专业。整体水平国内领先、国际一流。学科集聚了众多杰出的专家，临床能力突出，擅长白癜风、荨麻疹、湿疹、甲癣、银屑病等疾病的诊治。
第六名：中南大学湘雅医院-皮肤科中南大学湘雅皮肤科是国内较早建立的西医皮肤专科之一，目前已创建了临床、教学、科研、转化一体化的皮肤健康生态圈，诊疗范围包括湿疹、甲癣、银屑病等。科室在“2019年度中国医院排行榜”综合排名位居全国第7位，科研学术排行位列全国第1，2019年度中国医院/中国医学院校科技 量值(STEM)排行榜中全国排名第7位。每年收治患者在全国位居前列。
第七名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-皮肤科上海交通大学医学院附属瑞金医院皮肤科是集医、教、研为一体的专业科室，上海交通大学医学院重点学科，国家住院医师培训基地和临床药理基地。该科在国内以诊治疑难、危重皮肤病闻名，尤其是自身免疫病和皮肤淋巴瘤。近10多年来，在银屑病、药疹、湿疹、痒疹、天疱疮、甲癣、类天疱疮、红斑狼疮、皮肌炎、白塞病、硬皮病等疾病方面进行了创新性治疗，使这些疾病的缓解率或治愈率、生存期都显著提高，死亡率与并发症都显著降低。
第八名：北京协和医院-皮肤科北京协和医院皮肤科成是我国最早的皮肤性病学科之一。科室于2002年成为首批国家重点学科，是博士后、博士生及硕士生培养点，国家临床药理基地。科室拥有自身免疫性大疱病、银屑病、性传播疾病、激光美容治疗、皮肤组织病理诊断等多个诊疗中心，涵盖急诊、病房及科研实验室的大型皮肤性病学科。积极治疗鲜红斑痣、甲癣等疾病。多年来，坚持每周科主任三级查房、疑难病例讨论的优良传统，为来自全国的疑难重症患者，提供高效、精准的诊断及治疗。
第九名：中南大学湘雅二医院-皮肤科中南大学湘雅二医院皮肤科医疗技术团队整体实力突出，处理疑难危重疾病能力强，专科整体规模与实力居国内前列。目前是国家临床重点建设专科。科室拥有国内一流的临床医疗、科研设施与场所，配备一大批先进的医疗与科研设备。专科医护人员配备合理，亚专科设置齐全，处理疑难危重疾病能力强，尤其是自身免疫性皮肤病、过敏与临床免疫、皮肤美容等亚专科临床诊疗及疑难危重皮肤病救治在国内享有较高声誉。现开设11个专病门诊（甲癣、红斑狼疮、硬皮病、皮肤医学美容、血管瘤等）。
第十名：四川大学华西医院-皮肤性病科四川大学华西医院皮肤性病科是中国西部地区皮肤病规范化诊治、疑难重症救治的区域性中心，是国家卫健委建设的国家临床重点专科、国务院学位办公室皮肤性病学硕士博士学位授权点、国家级住院医师规范化培训基地、四川省专科住院医师培训基地，四川省教育厅医学重点学科，是西南地区最主要的皮肤性病学医教研和人才培养基地之一，擅长甲癣、皮炎、荨麻疹等方面的治疗。皮肤科已连续4年（2015年-2018年）进入全国医院最佳皮肤科专科排行榜十强（复旦版）。